Viện Đại học Huế được thành lập ngày 01/3/1957. Sự ra đời của Viện Đại học Huế là một mốc quan trọng đánh dấu bước phát triển mới của nền giáo dục Đại học Việt Nam: đây là cơ sở đào tạo đại học đầu tiên ở miền Trung được khai sinh và cũng là một trong những Viện Đại học có bề dày truyền thống, có quá trình xây dựng lâu dài ở nước ta.

Năm 1957, Viện Đại học Huế có 4 phân khoa: đó là: Khoa học, Sư phạm, Văn khoa và Luật khoa. Hai năm sau (1959), một phân khoa mới được thành lập là Y khoa.

Năm 1975, sau khi đất nước được hoàn toàn thống nhất, Viện Đại học Huế có sự thay đổi về mô hình tổ chức và quản lý. Tổ chức Viện không còn, thay vào đó là mô hình trường độc lập trực thuộc các bộ chủ quản gồm Trường đại học Tổng hợp, Trường Đại học Sư phạm, Trường Đại học Y khoa.

Năm 1994, sau 18 năm hoạt động, để phù hợp với tình hình và điều kiện cụ thể của đất nước trong giai đoạn mới, ngày 4/4/1994, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Nghị định 30/CP thành lập Đại học Huế trên cơ sở sắp xếp, tổ chức lại các trường đại học, cao đẳng trong khu vực. Một lần nữa Đại học Huế được tổ chức lại theo hướng xây dựng một Đại học đa lĩnh vực - mô hình phổ biến của Đại học Thế giới. Lúc này, Đại học Huế gồm có các đơn vị: Trường Đại học Khoa học, Trường Đại học Sư phạm, Trường Đại học Nông Lâm (tiền thân là Đại học Nông nghiệp 2 Hà Bắc được chuyển về Huế, sáp nhập thêm trường Cao đẳng Nông-Lâm-Súc Huế và đổi tên thành Trường Đại học Nông Lâm Huế), Trường Đại học Y khoa, Trường Đại học Nghệ thuật cùng các Trung tâm NCKH và đào tạo khác như: Trung tâm Đào tạo Từ xa (1995), Trung tâm Tài nguyên Môi trường và Công nghệ Sinh học (1995).

Năm 2002, trường Đại học Kinh tế trực thuộc Đại học Huế được thành lập theo Quyết định số 126/QĐ-TTg ngày 27/9/2002 của Thủ tướng Chính Phủ trên cơ sở Khoa Kinh tế - Đại học Huế (thành lập năm 1995).

Năm 2004, trường Đại học Ngoại ngữ trực thuộc Đại học Huế được thành lập theo Quyết định số 126/2004/QĐ-TTG ngày 13 tháng 07 năm 2004 của Thủ Tướng Chính phủ trên cơ sở sáp nhập các khoa, bộ môn ngoại ngữ của các trường thành viên Đại học Huế.

Cũng trong thời gian này, các trung tâm khác được thành lập: Trung tâm Công nghệ thông tin, Trung tâm Học liệu.

Năm 2005, Khoa Giáo dục Thể chất - Đại học Huế được thành lập trên cơ sở chuyển đổi chức năng, nhiệm vụ của Trung tâm Giáo dục Thể chất Đại học Huế. Cũng trong thời gian này, Nhà Xuất bản Đại học Huế được thành lập.

Năm 2006, ngày 03/5/2006, Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo đã ký quyết định số 2155/QĐ-BGD&ĐT thành lập Phân hiệu Đại học Huế tại Quảng Trị trên cơ sở Văn phòng đại diện Đại học Huế tại Quảng Trị được thành lập từ năm 2005 do Giám đốc Đại học Huế ký quyết định.

Ngày 26/3/2007, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng đã ký Quyết định số 334/QĐ-TTg đổi tên Trường Đại học Y Khoa trực thuộc Đại học Huế thành Trường Đại học Y Dược trực thuộc Đại học Huế.

Theo quyết định số 1080/QĐ-ĐHH-TCNS của Giám đốc Đại học Huế, ngày 14/11/2007 Trung tâm Tài nguyên, Môi trường và Công nghệ sinh học đã chính thức chuyển thành Viện Tài nguyên, Môi trường và Công nghệ sinh học.

Năm 2008, Khoa Du lịch trực thuộc Đại Học Huế được thành lập theo quyết định 020/QĐ-ĐHH-TCNS của Giám đốc Đại học Huế ngày 14/1/2008 dựa trên yêu cầu tổ chức lại các chuyên ngành đào tạo có liên quan đến du lịch tại Đại Học Huế.

Năm 2009, Khoa Luật trực thuộc Đại học Huế được thành lập theo Quyết định số 868/QĐ-ĐHH-TCNS ngày 19 tháng 8 năm 2009 của Giám đốc Đại học Huế.

Ngày 28/02/2013, theo Quyết định số 278/QĐ-ĐHH của Giám đốc Đại học Huế, Trung tâm Ươm tạo và Chuyển giao công nghệ Đại học Huế được thành lập.

Ngày 29/4/2014, Viện Công nghệ sinh học được thành lập theo quyết định số 808/QĐ-ĐHH của Giám đốc Đại học Huế trên cơ sở tách bộ phận Công nghệ sinh học ra khỏi Trung tâm Ươm tạo và chuyển giao công nghệ của Đại học Huế.

Ngày 03/03/2015, Phó thủ tướng Chính phủ Vũ Đức Đam đã ký Quyết định số 274/QĐ-TTgthành lập Trường Đại học Luật thuộc Đại học Huế trên cơ sở Khoa Luật thuộc Đại học Huế.

Trải qua 60 năm xây dựng và phát triển, Đại học Huế ngày nay đã phát triển lớn mạnh với 11 đơn vị đào tạo, gồm 8 trường đại học thành viên; 02 khoa trực thuộcvà Phân hiệu Đại học Huế tại tỉnh Quảng Trị; 9 trung tâm, viện đào tạo, nghiên cứu, phục vụ và Nhà xuất bản. Đại học Huế hiện nay là một trong 17 đại học trọng điểm quốc gia, đóng vai trò tiên phong, nòng cốt thực hiện sứ mệnh đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao, góp phần phát triển kinh tế - xã hội khu vực miền Trung, Tây Nguyên và cả nước. Kế thừa và phát huy những thành tựu đã đạt được, Đại học Huế đang hướng đến mục tiêu xây dựng và phát triển thành một đại học nghiên cứu, ngang tầm các đại học lớn trong khu vực, từng bước tiếp cận trình độ quốc tế.